過去の確定申告が修正申告できないパターン

2017年3月29日確定申告

毎年e-Taxで確定申告をしています。
今年度の確定申告をした際に、前年度の確定申告で源泉徴収ありの特定口座の申告をしていなかったことに気づきました。
申告するとお金が戻ってくる計算だったので、前年度の申告も再提出しました。
ところが後日、電話がかかってきて、確定申告済みで源泉徴収されている場合は、それで承認したとみなされて、修正を受け付けられないという内容でした。
税務署としては受理してしまったので、取下書を書いて送り返してほしいとのこと。
前年度の確定申告自体を忘れていて、新規に申請するパターンなら通ったんですけどね。